Il patrimonio del Museo comprende oltre ottomila Reperti Archeologici, di differenti epoche e tipologie, beni mobili di interesse storico-artistico e altri con un valore antropologico. Solo una piccola parte è esposta nei locali di Casa Saba e tutti i beni provengono dal territorio di Allai o dalle zone circostanti. L’intera Collezione comprende beni dati in concessione dal Ministero e/o di pertinenza del Comune.
All’interno della sezione archeologica della Collezione assume un’importanza particolare il lotto delle statue prenuragiche protoantropomorfe. Le imponenti sculture sono simili a quelle rinvenute nella località Genna Arrele o Sa Perda Iddoca vicino a Laconi. Si tratta di reperti recuperati tra i blocchi in opera del nuraghe di Arasseda che si leva sul ciglio sud-ovest del pianoro di Pranu Ollisa-Allai.
Un altro cospicuo lotto della Collezione comprende un gruppo di ceramiche, perlopiù boccali, di età tardo rinascimentale. Questi sono stati recuperati fortuitamente nel 1988 durante la ripulitura di un pozzo nell’abitato di Allai. Questi rimandano alla produzione delle maioliche della produzione di Montelupo Fiorentino della fine del XVI – inizi XVII secolo.
Tra i beni di valore antropologico, fortemente legati alla vocazione agricola e tessile del territorio, sono di particolare interesse il frantoio, la pressa e il carro esposti nelle logge e un bellissimo telaio orizzontale a pedali, di recente acquisizione.